Управление Филиалом осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации, Уставом Университета, Положением о Филиале и строится на принципах единоначалия и самоуправления.
Высшим коллегиальным органом управления Филиалом является Конференция работников и представителей обучающихся. Коллегиальным совещательным органом самоуправления является - Педагогический Совет Филиала, председателем которого является директор Филиала. Деятельность педагогического Совета Филиала регулируется Положением о Педагогическом Совете Филиала. Педагогический Совет Филиала рассматривает и принимает решения по всем вопросам учебно-воспитательной, учебно-летной, методической и финансово-хозяйственной деятельности Филиала. Состав Педагогического Совета филиала объявляется приказом директора филиала.
Непосредственное управление деятельностью Филиала осуществляет директор, назначаемый на должность приказом ректора Университета. Все полномочия директора Филиала, связанные с наделением Филиала по доверенности полностью или частично правомочиями юридического лица, закрепляются в доверенности, выданной Университетом на имя директора Филиала в установленном законодательством РФ порядке.